在满目疮痍的城市废墟中，激烈的战斗声逐渐由远及近，“最后时刻终于来了吗……”坐落在市中心最高建筑的楼顶上，一道戴着王冠的黑袍身影默然看着眼前几乎一边倒的劣势战局，缓缓捏紧了拳头，回头四顾，曾经规模宏大的抵抗军们几乎全军覆没，现在只剩下陪伴多年的副手还坚定不移地跟随在自己身后。
“现在的局势不是你一个A级超凡者能改变的了，你先离开吧，这场战斗结束之后依计行事，我们抵抗军的火种也能延续下去。”站在他身后披着红袍的窈窕身影担忧道：“可是灵王大人，我走了，您怎么办？对面的战力已经超出我们认知了，哪怕是以您的力量也……”“斯佩德，战争过了这么多年，你也知道那帮掌权者有多不择手段，我若是走了，他们一定不会善罢甘休，你的实力和计谋在英利格尔中都数一数二，以后散落在各地的抵抗军就由你来带领吧，更何况……”
他敲了敲头上的王冠，低沉的语调带着摄人心魄的威严：“所谓战争，无非成王败寇罢了，胜负仍未可知。你去吧，接下来就让我亲自领教一下，这群所谓天之骄女们的实力！”看着身后的一席红袍听从指令化为虚影离去，戴着王冠的身影洒脱一笑，“逆命·纵魂！”澎湃至极的S级魔力猛然扩散开来，昔日号令天下的王者，对着眼前逐渐逼近的敌影发出了生平中最强悍的最后一击，曾经的往事如走马灯一般浮现在他眼前：
魔法少女，一个只属于极少数被上天赋予魔法或超能力少女的称呼，她们平日里和正常的少女毫无区别，当危机降临时，可以催动体内的魔力，改变自己的衣着容貌，化身为最崇高的魔法少女形象出现在世人眼中。她们的能力以“天命”为名，如同人类的保护神一般，以体内无穷无尽的魔力构造出了人们现在生活的这个超凡纪元。
如此稀有而庞大的力量，自然引起了人类当权者们的觊觎，他们暗地里进行各种改造实验，通过在普通人身上注入魔法少女的力量，让这些普通人不论性别，都被迫以透支身体和生命力的方式强行换来了几乎与魔法少女“天命”相等的超凡能力——“逆命”。随着改造人数不断激增，问题也随之而来，被透支生命力的改造者们，体内的魔力如同无源之水，必须通过激发自身或他人内心深处的欲望来维持生存，而被这些改造者激发内心欲望的普通人，也会获得不同的“逆命”能力。在一次次的改造和传染中，男性改造者们变得极为狂躁暴力，女性改造者们则变得妖艳放浪，感受到威胁的当权者们立即对他们进行惨无人道的毁灭镇压。
面对强权的压迫，作为S级改造者的“摄魂灵王”高举起反抗的大旗，完全由改造者组成的抵抗军“英利格尔”正式成立，他们联合起来，冲进各国戒备森严的实验室解救出其他改造者，然后团结在抵抗军组织下，以摧毁人类统治为目的，共同与各国当权者们作斗争。见局势控制不住，人类当权者则是请求魔法少女们组成镇压力量，与这群被当权者称之为“怪人组织”的抵抗军们爆发了长达十几年的战火，而这场残酷战争，也许今天就要落下帷幕。
“就像许多故事里写的那样，在人类遭受所谓邪恶势力入侵而面临生死危机的时候，总会有一个魔法少女觉醒出自己的力量像英雄一样站出来，经过一番惨烈的战斗后击败邪恶势力，人们从此过上幸福美满的生活……可是，故事终究还是故事啊，对于力量一无所知的卑贱人类根本没有意识到——眼前这个魔法少女，根本就不是我们这群与命运斗争的改造者能击败的存在啊……”
“天命·圣令！”高昂清澈的声音回荡在空中，令各国政府头疼不已的“英格利尔”抵抗军首领、拥有S级力量的超凡者“摄魂灵王”被一道从天而降的圣光阵法逐渐吞没，他临终前汇聚的最强攻击甚至连一丝波动都没有发出，庞大的身躯就已经被阵法湮灭化为无形，头顶那象征着抵抗军最高领袖的头角王冠摔落在地，而一道轻盈优雅的少女身影挥动着背后天使羽翼，散发着比摄魂灵王更强悍的魔力波动，漂浮在这片战场最高处，在她身边，数十道青春靓丽的少女身影如众星拱月般伴随左右，皆是用钦慕崇拜的目光看向眼前这位带领魔法少女军团攻陷抵抗军总部，并取得最终胜利的最强超凡者——圣煌天姬。