剧透：
目前基本的隐藏线索思路是这样的，在很久以前，触手胶魔被封印前就预料到了自己会被女神们封印，她给皮奥拉和福奥留下了一个信标，你可以理解为类似存有神性的高等神器或者类似Pandorym的念渣一类的东西。利用这个可以很轻易的吧封印打破——也就是把被放逐出去的触手胶魔准确呼唤回来，但是在触手胶魔被封印之后，皮奥拉和福奥之间产生了理念上的分歧，福奥要立即召唤主人回来吃了这世界，而皮奥拉则另有想法，于是她暗算福奥，将两人精神对调，这样福奥的精神被封在皮奥拉的身体里，连同触手胶魔的信标一起被封印起来。
在这之后，皮奥拉和其他天使长瓜分了十二张人皮录，她自己使用了两张“人皮录”，一个用来吧自己的身体（原本属于福奥）变成女神，另一个造出了分身“大魔女皮奥拉”，也就是魔女们信奉的那个存在。这样她一手造就和指使魔法少女，另一手控制和操纵魔女，让这两者在无尽的争斗中将世间搞的越来越乱套。主角在后期会发现这个事实真相。
而黑魔法少女的“女皇”则是被封印的福奥利用自己身体内的触手胶魔的念渣造出的一个分身，抢了两张人皮录之后融合而成的。而黑魔法公主则是女皇造出来的一个虚幻的分身，既从人类之中挑选一个宿主，赋予类似选民的身份，实际上同化之（最后女皇会把公主吃了，并不断重复此过程，来补充自己的本质），所以魔法少女公主在试图背叛女皇取而代之的时候总是会失败。而这一任的公主就是林深叶/林深河。（也可以说，女皇的做法是将自己的灵魂分裂出若干份去转世，然后在这些转世分身成长到一定程度后就吃掉，这就好像培养一个20级角色然后吃掉，之后获得其总经验值的几分之几）
林天瑜的那个体香，是想作为一个线索的，既他的生母曾经是魔法少女，能力就是香气。而林天瑜的生父林天赐也曾是魔法少女，而且就是那个电击姬人皮的上一代主人，两个人就是因为同为战友所以才相识相恋有了奸情有了天瑜的。林天瑜原本有某种绝症所以身体不好，即使是魔法少女的魔力也解决不了，最后在某次行动中身亡了。（而他的妻子肖萝莉认为他是偷情去见情人时候车祸身亡的）。他的电击姬人皮后来又经过一次流传到了第一章中的炮姐手中（林天赐死后其人皮由当时帝都另一名魔法少女，即炮姐的老师，后来传承给自己的学生，炮姐也是受到这个老师的影响才从事体育老师的职业）。
在林天赐死之前，实际上一直没能和肖萝莉有孩子（如果说是他身体的问题，为啥和天瑜的母亲能生下天瑜呢？这咱就不知道了，绝对不是设定BUG哦），在他死后林家失去了继承人（这时候肖萝莉和林水土自然不知道天瑜他妈的存在），所以被迫无奈之下，肖萝莉和林水土通奸，这就有了林深河（林深河实际上比林天瑜晚出生，但是林家假造了出生记录使得他的出生日期吻合林天赐的死亡时间）。
在之后的某一天，林深河得到了自家后山里地窟封印的魔法人皮，成为了魔法少女林神夜/林深叶。（初步计划林深河最后会被女皇吃掉至少也会同化）间幕6讲的就是在主线剧情后期或结束后，已经和女王“融合”，但仍保有原本人格的林深叶，为了延缓自己“进化”的速度，联系万事屋的坂田金石，将自己封印成玩具人偶。据后世分析，她的这个行为使得魔女帝国的建立推迟了数百年之久，也正是在这个期间，人类进化步入了宇宙殖民时期，从而在“大灾变”和“大荒芜”两次巨灾中总有一部分人类殖民地幸免于难，并最终将人类文明扩散到了整个银河。
在我的设想中，本来福奥和皮奥拉实力相当，但是有信标加身的福奥现在最强（不过被封印中），拥有2张人皮录的皮奥拉次之，拥有2张人皮录的女皇再次之，然后是其他有1张人皮录的神。皮奥拉和福奥的忠心都一样，但是理念不同，现在福奥（女皇）的目的不是打倒福奥，而是收集（应该说收回更恰当）所有的人皮录。
炮姐扑街后，她的人皮神差鬼使地到了林天瑜手上，之后林天瑜意外地激活了人皮，也拥有了变身成bilibili的能力，之后他继承自母亲的奏香体质也会逐渐觉醒。之后她更巧遇日暮桔梗，被接引入魔法少女的世界，同时也遇到了神秘的魔法少女林神夜。随着天瑜逐渐成长为合格的魔法少女，他也将要接近关于自己身世的过去历史。
这里就产生了奇妙的四角白学，林天瑜喜欢自己的“哥哥”林深河，这份恋情延伸发酵的结果就是他以电击姬的女性身份接近林深河并与之交往，在得到满足的时候又产生了深深的自责、自厌和自妒，另一方面他既以林天瑜/电击姬的混合身份爱上了经常保护、指引自己，坚强美丽的魔法少女林神夜

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